Генетика и молекулярная биология

Занимаюсь разработкой программы позволяющей синтезировать белок по нуклеотидной последовательности с учетом физических взаимодействий и визуализацией процесса на мониторе компьютера. Для этого используется база данных Oracle как средство хранения всей инфраструктуры организма (растения) + визуализация в реальном времени роста (репликации) клеток с использованием OpenGl. Есть масса вопросов и идей…
Есть ли в России НИИ или иные коммерческие предприятия занимающиеся подобными разработками?
В идеале хочу создать компьютерную среду для имитация процесса развития организма.

Немного истории:
Начинал с создания искусственного интеллекта, пришел к тому что его целесообразно вырастить.
Изучил Генетику, осознал необходимость изучения Эмбриологии (основа – масса практических экспериментов для анализа и сравнения).
В данный момент понял, чтобы получить быстрый результат проще для начала заняться генетикой растений.

С Уважением,
Алексей.

очень интересная тема
___________
Заказывайте с удовольствием кран манипулятор там регестрируйся и заказывай у нас

_________________
LAMAR

А как вы собираетесь программировать альтернативный сплайсинг?

Разрабатывается физическая среда (учиывается плотность, давление, притягивание одинаковых белков и т.д.) в которой и происходит деление. Вобщем коешто уже набрасал, прикольно получается, но знаний в химии не хватает. Приходится одному все изучать
Блин интересно это на стыке наук, нужно быть и химиком и физиком и эмбриологом + генетиком + программистом... ух... народ включайтесь в ряды... Странно что никто этим не занимается, это же очень интересно и перспективно... а когда все это делится и растет на твоих глазах, завораживает..

Первый этап:
Делать то что уже есть, не совсем интересно, читая литературу пришел к выводу что до сих пор нет точного понимания алгоритма формирования организма, понятно только что идет репликация и т.д. но взяв ДНК никто точно не скажет что из нее должно вырасти (две руки или 20 ножек + один глаз?) . Из литературы следует что вся структура организма закодирована в ДНК, и тут мне как программисту есть над чем поработать, так как задача достаточно проста:
есть неразрывная цепочка нуклеотидных звеньев и собственно как из нее можно построить различные формы? Для простоты понимания в данной задаче цепочку ДНК можно рассматривать не как последовательность нуклеотидных звеньев, а как последовательность белков. Абстрагируясь от генетики и перейдя в чисто технические термины задачу можно сформулировать так: как из непрерывной цепочки байтов (белков) сформировать любую форму (в идеале стремимся выделить ноги, руки и т.д..).

Для этого, нужно создать инфраструктуру максимально близко имитирующую окружающую среду, то есть учесть все физические воздействия при делении, притяжение одинаковых белков, "кучность" отталкивание и расширение в процессе образования новых белков. Учесть химию, выделяемое тепло и иные зависимости.

Самое главное и интересное в любой работе - видеть результат! Поэтому в данный момент я как раз разрабатываю 3D среду поместив в которую "ДНК" можно будет наглядно видеть весь процесс репликации, удвоения и роста... Чем точнее будет реализован алгоритм внешней среды, тем интересней будут результаты.
Сейчас я сделал следующее :
1. алгоритм распределения:
а. одинаковые белки притягиваются;
б. полученная масса распределяется, то есть если новая клетка окружена другими то она их отталкивает, те в свою очередь толкают другие до тех пор пока не будет снята внутренняя напряженность.
2. алгоритм репликации:
а. каждая новая клетка начинает свой процесс репликации с начала цепочки;
б. ....
3. визуальная среда :
а. можно двигаться вперед, назад, поворачивать камеру влево, право.
б. устанавливать паузу (останавливает алгоритм распределения клеток в среде)

Включая сюда дополнительные алгоритмы и условия получаем совершенно разное поведение развития, огромный плюс что все это видно в реальном времени.

Зачем мне это надо? ну интересно и перспективно, хочется найти единомышленников, если есть люди увлекающиеся данной тематикой, давайте вместе попробуем... если кому интересно программу готов выслать...
Мне не хватает знаний по генетике, чтобы учесть все нюансы развития. Но я точно знаю что если есть люди которые 100% понимают как это должно работать я это смогу реализовать программно

С Уважением,
Алексей.[/img]

_________________
->гностицизм<-

Спасибо! интересно....

Ради бога...
expogen.exe - http://files.mail.ru/092BD14351C243DAB5758D867FA2E1A2
1. нажимаем "Начнем"
2. нажимаем "Репликация" до тех пор пока ресурсов компьютера хватит в реальном времени все прощитывать...
3. программа сейчас в виде макета, исключительно чтоб понять можно было - что и как...

Но одно открытие уже сделал, если это можно так назвать. Почему организмы если пополам разделить - то они одинаковые почти во всем.
Это визуально наблюдается при выше описанных условиях репликации.
Вобщем сейчас в застое, читаю Химию, так как без нее - грамотно белки строить не возможно, нужно учитывать температуру и т.д...
+ одному чет тяжко совсем, нужно группу по направлениям собирать, чтоб каждый по своей линии мог давать точные данные. Никто пока не соглашается...
Нужна группа следующего состава (примерно):
1. генетик (хорошо понимал процессы репликации)
2. эмбриолог (мог визульно оценить правильность работы программы репликации)
3. программист (все это запрограммировать)
4. химик-физик (реализация алгоритма формирования(расщепления) белка с учетом внешних факторов)

Кто нибудь уже опробовал программу, напишите о своих впечатлениях, очень интересно.

_________________
Купить емкости на шасси по оптовой цене в странах СНГ

Да старая она уже и линк просрочен.. но если кому згодится, буду только рад....
Вот кстати на Сoursera будут читать курс - Моделирование биологических молекул на GPU (Biomolecular modeling on GPU), записался...
Переделаю по результатм обучения с использованием CUDA, получится думаю - гораздо интересней....

Жаль у вас суперкомпьютера под рукой нет. Хотя с нынешними облачными системами это уже не проблема, скоро будет.

Вобщем, знаний не хватает, никто помогать не хочет...
Решил сначала вырастить на компьютере растение
Сейчас читаю книгу по генетике развития растений... оказывает тема в России не сильно развита, только в Питере институт профильный есть.
Пытался найти преподавателей, чтобы часика 2-3 помучать глупыми вопросами за денюжки, нету...
Неужели мне одному данная тема интересна? Ну это же очень перспективно...
Вобщем срочно нужны генетики
А то один буду потом бонусы собирать

С альтернативным сплайсингом вопрос решил путем четкой привязки комплекса сигнальных путей к активации конкретной мРНК.
Нет смысла играться с интронами и экзонами в цифре, это фишка природы созданная для реализации сложных "физико-химических" процессов в клетке, в нашем случае важно реализовать сам алгоритм биологии развития.
Сложней всего было написать движок, позволяющий создать материнскую инфраструктуру (на примере дрозофилы) и путем добавления мРНК (nanos, bicoid и Dorsal protein) сформировать их градиенты и определить оси полярности внутри эмбриона (дорсально-вентральной и передний-задний).

В продолжение темы открыл проект где расписал все этапы работы https://nilley.ru/